1860年、イギリスにあるチェアマン学園の生徒たちが夏休みを迎えた。生徒たちはスルギ号にのって航海をする予定だったが、誰かが船のともづなを外していたために、子供たちだけを乗せたまま船が嵐の海へと流されてしまった。丸3日続いた嵐の果てに、スルギ号にのった15人の少年たちは誰も知らない孤島へと辿り着く。上は14歳、下は9歳の子供たちは、一致団結して苦境を乗り越えようとする。少年たちの島での長い夏休みが始まった。世界的に有名なジュール・ヴェルヌの古典小説をアニメ化。